اين دوره برای دانشجویان ایرانی و غیرایرانی طراحي شده است و رويکردي ميان‌رشته‌اي به مطالعات ايران دارد. دانشجويان مي‌توانند از ميان گرايش‌هاي «اجتماعي-فرهنگي» يا «سياسي-اقتصادي» براي تحصيل و نگارش رساله‌هاي خود يکي را انتخاب کنند. دورة دکتري در دانشگاه تهران چهار سال به‌طول مي‌انجامد و امکان افزايش مدت تحصيل تا پنج سال نيز وجود دارد. در دو سال نخست، دانشجويان نه درس را به زبان فارسي خواهند گذراند. دانشجويان، پس از قبولي در اين دروس و قبولي در آزمون جامع، بايد رسالة جامع دکتري خود را روي موضوع موردعلاقة خود دربارة مطالعات ايران بنويسند. نگارش رساله‌ها همراه با دو استاد راهنما از دانشگاه تهران انجام می‌شود و بايد با حضور تمامي داوران دفاع شود. تمامي دانشجويان دکتري بايد به زبان فارسي مسلط باشند و رسالة خود را به همين زبان بنويسند.